Beragamnya program pendidikan yang dikelola Pesantren Mathali’ul Huda AlKautsar menyebabkan beragamnya unsur santri belajar di pesantren. Total santri yang belajar kurang lebih 1634 santri. Jumlah tersebut terdiri dari 632 santri putra dan 1002 santri putri. Santri yang tinggal di pesantren berjumlah 781 orang dan yang tidak tiggal di pesantren berjumlah 853 anak.

Santri yang tinggal di pesantren dari beragam wilayah, baik dari jawa maupun luar jawa. Sedangkan santri yang tidak tinggal di dalam pesantren kebanyakan adalah dari derah sekitar pondok pesantren.