Pesantren Mathali’ul Huda Al-Kautsar menginduk ke dua yayasan yaitu sebagai berikut:

1. Yayasan Nurussalam Kajen. Nomor: AKU-AH.01.06-0008748.
Kegiatan-kegiatan pesantren yang bersifat non formal keagamaan, seperti pengajian, pengelolaan masjid, kepesantrenan diikutkan kepada Yayasan Nurussalam Kajen.

2. Yayasan al-Zahra Hajain. Nomor: AHU-AH.01.06-1078
Kegiatan atau lembaga yang bersift formil, seperti SMK Cordova, Pendidikan Diniyah Formal, Unit Usaha diikutkan kepada Yayasan Al-Zahra Hajain

IZIN OPERASIONAL

Izin operasional Pesantren Mathali’ul Huda Al-Kautsar bernomor: 300/2015 dengan Nomor Statistik Pondok Pesantren: 510033180072