- Ma’had Aly Pesantren Mathali’ul Huda (PMH) Al-Kautsar Kajen Pati adalah pendidikan strata satu untuk santri-santri tahfidz yang telah menyelesaikan pendidikan tingkat menengah.
- Ma’had Aly juga ditujukan sebagai pendidikan paska tahfidz, agar santri yang telah purna tahfdiz dapat mendalami ilmu-ilmu yang relevan dengan al-Qur’an.
- Lulusan Ma’had Aly diproyeksikan sudah menguasai Qiro’ah Sab’ah, wawasan yang cukup di bidang Tafsir al-Qur’an dan mempunyai hafalan yang lancar.
- Program ini dirancang untuk 6-8 semester sehingga santri yang telah menamatkan program ini nantinya mendapatkan titel Sarjana Ilmu Agama dengan kompetensi Al-Quran dan ilmu-ilmu al-Quran.
- Metodologi perkuliahan pada Ma’had Aly dirancang sedemikan rupa dengan mengintegrasikan tradisi keilmuan pesantren dan tradisi akademik perguruan tinggi .
| No. | Maaddah Dirosiyah | SKS |
| 1 | علوم القرآن الكريم | 3 |
| 2 | تاريخ القرآن الكريم | 2 |
| 3 | أصول التفسير وقواعده | 2 |
| 4 | مناهج البحث في علوم القرآن | 3 |
| 5 | التحفيظ والتلاوة | 3 |
| 6 | `التفسير التحليلي | 3 |
| 7 | المدخل إلى علم القراءات | 2 |
| 8 | علم التجويد | 2 |
| 9 | النحو والصرف القرأني | 2 |
| 10 | رسم المصحف وضبطه | 3 |
| 11 | القراءات | 3 |
| 12 | آيات أحكام (الفقه القرآني) | 3 |
| 13 | أصول الفقه | 3 |
| 14 | أيات العقيدة | 3 |
| 15 | تاريخ السيرة النبوية | 2 |
| 16 | البلاغة | 2 |
| 17 | علم الحديث | 2 |
| 18 | علم الفواصل والوقف والابتداء بيان الأوائل والأجزاء والأحزاب والأرباع . | 3 |
| 21 | طرق تدريس القرآن وعلومه | 3 |
| 22 | القصص القرآني | 3 |
| 23 | الناسخ والمنسوخ | 2 |
| 24 | إعجاز القُرآن وبلاغته | 3 |
| 25 | Kesenian Al-Quran | 3 |
| 26 | Diskusi dan Musyawarah | 3 |
| 27 | Karya Ilmiyah | 6 |
| 28 | Khidmah | 6 |
| TOTAL | 75 |