Pesantren Mathali’ul Huda al-Kautsar, mulai tahun ajaran 1439 – 1440 Hijriyah / 2018-2019 M menjalankan program pendidikan Ma’had Ali fil Qur’an wa Uluumihi dan Pendidikan Diniyah Formal (PDF) Tahfidz;

Dengan demikian program pendidikan yang dikelola oleh pesantren Mathali’ul Huda al-Kautsar meliputi Ma’had Aly untuk strata S1, PDF Tahfidz Ulya untuk tingkat lanjutan atas, PDF Tahfidz Wustho untuk tingkat lanjutan menengah dan PDF Tahfdiz Ula untuk tingkat dasar;

Program-program pendidikan tersebut dilaksanakan di dalam lingkungan pesantren dengan mengintegrasikan program tahfidz yang sudah berjalan dengan sistem Pendidikan Diniyah Formal yang merupakan program unggulan Kementerian Agama RI untuk pesantren. Semua santri  diwajibkan ikut program PDF atau Ma’had Aly sesuai jenjang yang dicapainya berdasarkan ijazah dan tes kualifikasi.

Santri yang telah menyelesaikan program pendidikan tersebut dan telah lulus ujian negeri, berhak mendapatkan ijazah formal yang diakui Pemerintah sesuai dengan tingkat program pendidikan yang diikuti;

Semua program-program pendidikan tersebut ditujukan untuk menambah bekal keilmuan para santri tahfidz dengan ilmu-ilmu pengetahuan dan keterampilan yang terkait dengan al-Qur’an sehingga diharapkan para santri setelah hafal Al-Qur’an juga telah memiliki pengetahuan keagamaan yang cukup sesuai kompetensinya dan mempunyai keterampilan khusus di bidang yang terkait al-Qur’an.